Homologické modelovanie získava trojrozmernú štruktúru cieľového proteínu založenú na podobnosti medzi templátovými a cieľovými sekvenciami a táto technika sa ukazuje ako účinná, pokiaľ ide o štúdium membránových proteínov, ktoré je ťažké kryštalizovať ako GPCR, pretože poskytuje vyšší stupeň pochopenia …
Čo je homologické modelovanie a prečo je potrebné?
1.2.
Homologické modelovanie je najpresnejšia výpočtová metóda na vytváranie spoľahlivých štruktúrnych modelov a bežne sa používa v mnohých biologických aplikáciách. Homologické modelovanie predpovedá 3D štruktúru dopytovaného proteínu prostredníctvom zarovnania sekvencií templátových proteínov.
Aký je princíp modelovania homológie?
Homologické modelovanie je tiež známe ako porovnávacie modelovanie predpovedá proteínové štruktúry na základe sekvenčnej homológie so známymi štruktúrami. Je založená na princípe, že „ ak dva proteíny zdieľajú dostatočne vysokú sekvenčnú podobnosť, je pravdepodobné, že budú mať veľmi podobné trojrozmerné štruktúry.“
Čo tvorí dobrú homológiu Modelovanie?
Ak definujeme „veľmi úspešný model homológie“ako model, ktorý má <=2 Å rmsd z empirickej štruktúry, potom templát musí mať >=60% sekvenčnú identitu s cieľom, aby bol úspech miera >70% Dokonca aj pri vysokých sekvenčných identitách (60%-95%) má až jeden z desiatich modelov homológie rmsd >5 Å vs.
Čo z nasledujúceho platí o homologickom modelovaní?
Vysvetlenie: Ako už názov napovedá, homologické modelovanie predpovedá proteínové štruktúry na základe sekvenčnej homológie so známymi štruktúrami Homologické modelovanie vytvára celoatómový model založený na zarovnaní s templátovými proteínmi.… Chyby urobené v kroku zarovnania nie je možné opraviť v nasledujúcich krokoch modelovania.
