Metagenomika je definovaná ako priama genetická analýza genómov obsiahnutých v environmentálnej vzorke Táto oblasť pôvodne začala klonovaním environmentálnej DNA, po ktorej nasledoval funkčný skríning expresie [1], a potom bol rýchlo doplnený priamym náhodným sekvenovaním environmentálnej DNA [2, 3].
Aký je proces metagenomiky?
Metagenomika zahŕňa získavanie DNA zo všetkých mikroorganizmov v rámci komunity bez nevyhnutnej identifikácie všetkých príslušných druhov. Po sekvenovaní génov a ich porovnaní s identifikovanými sekvenciami je možné určiť funkcie týchto génov.
Aká technika sa používa v metagenomike?
Vzorka mikrobiálnej komunity sa odoberá z morskej vody, sedimentu, hostiteľského zvieraťa alebo iného morského prostredia. Zozbierané bunky sa potom lyzujú a z ich lyzátu sa extrahuje DNA. Technika, ktorá umožňuje metagenomiku, je shotgun sekvenovanie, ktorá sekvenuje náhodné oblasti DNA necieleným spôsobom.
Aké sú 3 kroky k štúdiu metagenomiky?
Kroky a proces metagenomiky:
- Ukážková kolekcia:
- extrakcia DNA:
- Príprava vzorky:
- Analýza vzorky:
Ako sa vykonáva funkčná metagenomika?
Funkčná metagenomika zahŕňa izoláciu DNA z mikrobiálnych spoločenstiev na štúdium funkcií kódovaných proteínov. Zahŕňa klonovanie fragmentov DNA, expresiu génov v náhradnom hostiteľovi a skríning enzymatických aktivít.