BLAST je počítačový algoritmus, ktorý je k dispozícii na použitie online na webovej stránke Národného centra pre biotechnologické informácie (NCBI), ako aj na mnohých iných stránkach. BLAST dokáže rýchlo zarovnať a porovnať dopytovanú sekvenciu DNA s databázou sekvencií, čo z neho robí kritický nástroj v prebiehajúcom genomickom výskume.
Je BLAST primárnou databázou?
BLAST je najpoužívanejší softvér vo výskume bioinformatiky. Jeho hlavnou funkciou je porovnať sledovanú sekvenciu, dopytovú sekvenciu, so sekvenciami vo veľkej databáze BLAST a potom hlásiť najlepšie zhody alebo „zásahy“nájdené v databáze. Tento jednoduchý program má dve hlavné aplikácie.
Je NCBI databáza?
NCBI obsahuje sériu databáz relevantných pre biotechnológiu a biomedicínu a je dôležitým zdrojom pre bioinformatické nástroje a služby. Medzi hlavné databázy patrí GenBank pre DNA sekvencie a PubMed, bibliografická databáza pre biomedicínsku literatúru. Medzi ďalšie databázy patrí databáza NCBI Epigenomics.
Používa sa BLAST iba v databázach NCBI?
BLAST je k dispozícii na webe na webovej stránke NCBI. Dostupné sú rôzne typy BLAST podľa sekvencií dotazov a cieľových databáz.
Ako funguje databáza BLAST?
Ako funguje BLAST? BLAST identifikuje homológne sekvencie pomocou heuristickej metódy, ktorá na začiatku nájde krátke zhody medzi dvoma sekvenciami; teda metóda neberie do úvahy celý sekvenčný priestor. Po úvodnej zhode sa BLAST pokúsi spustiť lokálne zarovnania z týchto úvodných zhôd.
